Село Яйлю (название означает "летнее пастбище, стоянка") расположен в северо-западной части Телецкого озера, на правом берегу речки Чеченек.
Село находится непосредственно на территории Алтайского Государственного Природного Заповедника, здесь находится его центральная усадьба.