Ботанический сад расположен на территории памятника природы "Шишкулар-Катаил-Чистый луг" и представляет собой живописный участок, где стыкуются природно-климатические зоны, с уникальными реликтовыми и исчезающими видами растений. Здесь рельефно изрезанные берега рек Семы и Катуни образуют неповторимый пейзаж, украшенный причудливыми бухточками и островками.