Каракокшинская пещера находится на территории Чойского района Республики Алтай. Она расположена на северном склоне хребта Иолго, в водоразделе рек Каракокши и Чемалы. Постановлением Правительства Республики Алтай от 16 февраля 1996 года подтвержден статус памятника природы.