Баргузинский заповедник расположен на северо-восточном побережье озера Байкал в центральной части Баргузинского хребта, более половины его территории составляют гольцы - каменистые вершины до 2400 метров. Треть заповедника занимают горно-таежные леса, растущие на высоте до 1250 метров, и лишь 16% территории заповедника приходится на побережье озера Байкал.